- Badan Perencanaan & Penelitian Pengembangan Pembangunan Daerah
- Badan Kepegawaian & Pengembangan Sumber Daya Manusia
- Badan Pengelolaan Keuangan & Aset Daerah
- Badan Pengelolaan Pajak & Retribusi Daerah
- Badan Kesatuan Bangsa & Politik
- Badan Pemerintahan & Ekonomi Daerah
- Badan Kesejahteraan Rakyat
- Badan Ketentraman & Ketertiban Umum Serta Perlindungan Masyarakat
- Bagian Hukum
- Bagian Perekonomian & Sumber Daya Alam
- Bagian Infrastruktur
- Bagian Administrasi Pembangunan
- Bagian Pengadaan Barang & Jasa
- Bagian Umum
- Bagian Organisasi
- Bagian Protokol & Komunikasi Pimpinan
- Dinas Pendidikan
- Dinas Kesehatan
- Dinas Bina Marga & Sumber Daya Air
- Dinas Cipta Karya & Tata Ruang
- Dinas Sosial & Pemberdayaan Masyarakat
- Dinas Tenaga Kerja
- Dinas Pemberdayaan Perempuan, Perlindungan Anak, Pengendalian Penduduk & KB
- Dinas Ketahanan Pangan & Pertanian
- Dinas Perikanan
- Dinas Komunikasi & Informatika
- Dinas Perindustrian & Perdagangan
- Dinas Koperasi & Usaha Mikro
- Dinas Lingkungan Hidup
- Dinas Penanaman Modal & Pelayanan Terpadu Satu Pintu
- Dinas Perhubungan
- Dinas Kependudukan & Catatan Sipil
- Dinas Kebudayaan & Pariwisata
- Dinas Perumahan Rakyat, Pemukiman & Pertamanan
- Dinas Pertanahan
- Dinas Perpustakaan & Kearsipan
- Dinas Pemuda & Olahraga
- Dinas Pemadam Kebakaran
- Kecamatan Batu Ampar
- Kecamatan Lubuk Baja
- Kecamatan Bengkong
- Kecamatan Batam Kota
- Kecamatan Nongsa
- Kecamatan Batu Aji
- Kecamatan Sagulung
- Kecamatan Galang
- Kecamatan Bulang
- Kecamatan Sekupang
- Kecamatan Sungai Beduk
- Kecamatan Belakang Padang
- Inspektorat Daerah
- Sekretariat DPRD
- Rumah Sakit Umum Daerah
- Satuan Polisi Pamong Praja
- Staf Ahli Kota Batam
- LPSE Kota Batam
- SIMPEG